تکثیر و توالی یابی بخشی از ژن مسؤول تشکیل خط سفید دفاعی در pseudomonas aeruginosa با استفاده از degenerate polymerase chain reaction

مقدمه: لیپوپپتیدهای pseudomonas مانند white line-inducing principle (wlip)، دارای فعالیت های ضد میکروبی حایز اهمیتی می باشند. زمانی که باکتری مولد wlip در مجاورت با pseudomonas tolaasii کشت داده شود، خط سفید رنگی در بین آن ها ایجاد خواهد شد. با شناسایی راهبرد white line reaction (wlr) و بررسی تنوعات آن در انواع مختلف pseudomonas شاید بتوان از آن به عنوان رویکردی برای درمان بیماری های عفونی استفاده کرد. در این مطالعه، با استفاده از تکنیک degenerated polymerase chain reaction (degenerate pcr) سعی گردید تا برای اولین بار به طور جزیی سیستم ژنتیک wlr در pseudomonas aeruginosa شناسایی شود. روش ها: آنالیز دمین آنزیم های non-ribosomal peptide synthetase (nrps) با استفاده از ابزار nonribosomal peptide synthetase-polyketide synthases (nrps-pks) انجام شد. همچنین، با به کارگیری برنامه ی geneious الاینمنت چندگانه ی توالی dna، آنالیزهای فیلوژنتیک و بلاست لوکال انجام گردید. در نهایت، dna ژنومی pseudomonas aeruginosa lmg 1272 استخراج و degenerate pcr انجام شد. یافته ها: در ابتدا تکثیر (pcr) بر اساس دمین های c1 و te انجام شد. با وجود تکرارها و تغییرات متعدد، علاوه بر باند مورد نظر، باندهای دیگری نیز به دست آمد. بدین منظور، با استفاده از ژن wlp/wip بلاست بر علیه ژنوم های pseudomonas aeruginosa انجام شد. دو رکورد در دو سویه ی pseudomonas aeruginosa در حدود 50 درصد identity با ژن wlpb سویه ی rw10s2 مشاهده شد. بعد از الاینمنت این دو رکورد با wlpb در rw10s2، طراحی پرایمر و تکثیر انجام شد. با انجام blastp تنها یک پروتئین به نام gramicidin d در باکتری ralstonia solanacearum sd54 با میزان identity حدود 43 درصد مشاهده شد. نتیجه گیری: تشکیل خط سفید دفاعی توسط سویه ی pseudomonas aeruginosa به احتمال زیاد توسط یک سیستم ژنتیک متفاوت از آنچه که تاکنون گزارش شده است، انجام می شود.